新的特异点，出现在为了拯救世界的藤丸立香一行人面前。 为了修复歪曲的历史，他们来到1999年的新宿，并遇到了自称“新宿的Archer”的英灵…… 在这极恶蔓延的城市，断章的故事拉开了帷幕——